Codes können in eine hierarchische Struktur gebracht werden, d.h. sie können mehrere Subcodes besitzen und die Subcodes wiederum Subcodes.

Das Codesystem, also alle im Verlauf der Arbeit definierten Codes, wird von MAXQDA als logische Struktur im Fenster „Liste der Codes“ dargestellt.

Zu Beginn der Arbeit ist das Fenster „Liste der Codes“ noch leer, mit Ausnahme der Zeile „Codesystem“ und eines vorangestellten Symbols.

Das Codesystem von MAXQDA hat folgende Charakteristika:

• Ein Code ist ein Text mit maximal 63 Zeichen, der aus einem oder mehreren Wörtern bestehen kann, Leerzeichen und Sonderzeichen sind erlaubt.
• Die Anzahl der Codes (und Subcodes), die in der „Liste der Codes“ verwaltet werden können, ist nicht beschränkt.
• Es kann eine hierarchische Struktur mit bis zu 10 Ebenen aufgebaut werden.
• Jedem Code kann eine spezielle Farbe zugeordnet werden.
• Eine Sonderrolle nehmen die sogenannten Farb-Codes ein, die wie farbige Markierstifte wirken: Sie färben das Dokument ein und ordnen gleichzeitig den Namen der Farbe als Code zu.
• Eine weitere Sonderrolle nehmen emoticodes ein, bei denen statt eines Codesymbols ein Emoticon oder ein Symbol im Codesystem mit einem vordefinierten, aber veränderbaren Namen erscheint.
• Seit MAXQDA 12 gibt es auch Sondercodes für die Teilnehmer einer Fokusgruppe. Diese Codes sind an diesem Icon  zu erkennen. Für diese Art von Codes stehen besondere Funktionen zur Verfügung.

Das Arbeiten mit den codierten Segmenten (d.h. Textteilen, Bildausschnitten oder Videosequenzen) und mit einem Kategoriensystem gehört zu den zentralen Arbeiten im Prozess der computergestützten Analyse. Es ist eine Arbeit, die bei der Nutzung von QDA-Software in der Regel nicht automatisch geschieht, sondern – oft durchaus mühevoll und Zeit konsumierend – von den Nutzerinnen und Nutzern ausgeführt wird. MAXQDA erleichtert die systematische Analyse durch das Werkzeug eines hierarchischen Codesystems. Dieses Codesystem ist als Baumstruktur immer sichtbar, so dass es leicht möglich ist, sich einen Überblick über das bislang geschaffene Kategorienwerkzeug zu verschaffen. Gerade bei umfangreichen Kategoriensystemen kann es dabei sehr hilfreich sein, die Unterkategorien auszublenden, um so einen besseren Überblick zu gewinnen.

Das Klicken auf das Dreiecks-Symbol vor einem Code bewirkt, dass die Subcodes ein- und ausgeblendet werden.

Mithilfe des Visual Tools MAXMaps lässt sich in MAXQDA auch eine netzwerkartige Struktur von Codes aufbauen und zur Codierung benutzen, d.h. man kann Segmente eines Dokuments markieren und in eine solche Netzwerk-Map hineinziehen zum Codieren.

Die Symbolleiste in der „Liste der Codes“

In der Symbolleiste in der Kopfzeile des Fensters „Liste der Codes“ lassen sich folgende häufig benötigte Funktionen für Codes anklicken:

Aktivierungen zurücksetzen – hebt die aktuelle Aktivierung der Codes auf.

Nur Codes aus aktivierten Dokumenten anzeigen – reduziert den Baum auf Codes, die in mindestens einem der aktivierten Dokumente vergeben wurden.

Neuer Code – ermöglicht, einen neuen Code im Codesystem zu ergänzen

Suchleiste anzeigen – ermöglicht die Kontextsuche nach einzelnen Codes

Einstellungen – öffnet einen Dialog mit lokal relevanten Optionen (s.u.)

Fenster auslösen

Fenster vergrößern

Fenster ausblenden

Zur Handhabung des Codesystems stehen neben den Icons in der Symbolleiste zwei Arten von Kontextmenüs zur Verfügung, ein Kontextmenü auf der allerobersten Ebene des Codesystems sowie Kontextmenüs auf der Ebene der einzelnen Codes.